《三国志》后世遭遇非议众多，尤其正统问题备受关注。
《三国志》是以曹魏为正统，未称帝的曹操被立为“武帝纪”，而刘备、孙权两位皇帝，却只是“先主传”和“吴主传”而已。
随着时间的推移，后世尊刘贬曹的观点逐渐盛行，再审视《三国志》的处理方式，便愈发觉得不顺眼。
然而，若换作他人撰写，即便身处陈寿的位置，也只能以曹魏为正统——毕竟，若直接批评司马家的皇帝是伪朝，书自然无法完成。
陈寿以三国历史分写的处理，实际上已经削弱了曹魏的正统性，而提高了蜀国、吴国的地位。无论是刘备、刘禅，还是孙权及其后继者，尽管他们的传记被称为“传”，但读来却犹如“本纪”，并发挥了本纪的作用。
此外，尽管曹操被视为正统，陈寿在描述他时，却并未过多美化。
这得益于当时的社会氛围。千百年后，由于种种滤镜的加持，曹操可能被描绘成“可爱的奸雄”，但在西晋时期，喜欢曹操的人其实并不多。对于世家大族来说，曹操的“唯才是举”主张无疑是一种伤害；而对于平民百姓而言，曹操的残酷屠杀和沉重赋税让他们深恶痛绝。而“屯田”制度的实施，实际上就是将他们变成了集中营中的苦役犯。
虽然平民百姓的怨言会淹没在历史的洪流中，但世家大族却以道德和学问自居，他们手中的笔杆子让他们拥有了话语权，因此士人批评曹操的言论传播效果极佳。当然，这并不意味着只有士人痛恨曹操。
实际上，陈寿在书中多次暗贬曹操。曹操的大屠杀，在《三国志》中多次曲折提及。在平定邺城后，曹操到袁绍墓前哭祭。陈寿又描述了一个细节：
“慰劳绍妻，还其家人宝物⋯⋯”
如何“还其家人宝物”呢？自然需要先将财物掠夺到手。陈寿虽然没有明言曹军抢劫了袁绍家，但通过这种描述，依然传达了相关的信息。
